Falling Skies avautuu kaaoksen jälkeisessä tilanteessa, jossa ulkopuolinen hyökkäys on jättänyt suurimman osan maailmasta täysin toimintakyvytöntä. Viiden kuukauden aikana ensimmäisestä hyökkäyksestä lähtien vain muutama selviytyjä on kokoontunut suurten kaupunkien ulkopuolella aloittaakseen vaikean taistelun. Jokainen päivä on selviytymiskokeilu, kun kansalaisaseistajat suojelevat huolenpidossaan olevia ihmisiä ja samalla osallistuvat kapinalliseen kampanjaan vastustamaan miehittävää avaruusjoukkoa.