On vuosi 2043, ja ihmiskunta on täydellisen tuhon partaalla. Tutkijaryhmä lähettää keräilijä James Colen takaisin menneisyyteen, vuoteen 2015, estämään salaperäisen 12 apinan armeijan tuhoisat suunnitelmat, joiden seurauksena maapallolle on levinnyt tappava virus. Ihmiskunnan viimeisten edustajien taistellessa selviytymisestä Colen johtama tiimi ryhtyy taisteluun ihmiskunnan tulevaisuudesta.