Thomas ja muutama muu ovat viimeisiä labyrintistä selvinneitä. Yhdessä Vincen kanssa pieni joukko muodostaa vastarinnan WCKD:iä, tai tuttavallisemmin WICKED:iä vastaan. Vastarinta aikoo vapauttaa WCKD:n julmissa ihmiskokeissa kärsivät maailman helvettiin syösseelle virukselle immuunit nuoret. Kun viimeiseen kaupunkiin viedään Thomasin ystävä Minho, ei alkuperäisestä labyrintistä selvinneille ole muuta mahdollisuutta kuin pelastaa toverinsa urbaanisokkelosta.