Kaikki tutut hahmot - leijona Alex, seepra Marty, kirahvi Melman, virtahepo Gloria, kuningas Julien, Maurice ja pingviinit - palaavat valkokankaalle Madagascar 2:ssa. Tultuaan jätetyksi autiolle Madagascarille newyorkilaiset ovat kehittääneet niin hullun suunnitelman, että se voi jopa toimia. Pingviinit ovat - tavallaan - korjanneet sotilaallisella tarkkuudella vanhan tuhoutuneen lentokoneen. Päästyään ilmaan erikoinen miehistö pysyy taivaalla juuri ja juuri riittävän kauan selviytyäkseen villeistä villeimmästä paikasta, itse Afrikan tasangoista, jossa eläintarhassa kasvaneet sankarimme törmäävät ensimmäistä kertaa oman lajinsa edustajiin. Samalla kun he löytävät juurensa, he tajuavat nopeasti todellisen oikean ja betoniviidakon eron. Kauan kadoksissa olleista sukulaisistaan, kilpakosijoista ja viekkaista metsästäjistä huolimatta Afrikka vaikuttaa huippupaikalta... mutta onko se parempi kuin heidän kotinsa Keskuspuistossa?