Æon Flux taistelee 2400-luvulla maan viimeisessä elossa olevassa kaupungissa totalitaarista hallintoa vastaan. Æon on kapinallisten paras mahdollisuus päästä eroon alistavan steriilistä, "täydellisestä" yhteiskunnasta. Æonin tehtävänä on ampua hallituksen johtaja. Tehtävää suorittaessaan hän törmää mykistävien salaisuuksien verkkoon, joka saattaa muuttaa maailman tulevaisuuden täydellisesti.