Koneiden armeija valmistautuu hyökkäykseen. Smith-klooneja on kaikkialla. Neo lentää…mutta ehkäpä edes Valitun uskomattomat voimat eivät ole tarpeeksi pysäyttämään metallihirviöiden etenemistä. Uudet liittolaiset liittyvät ihmisten riveihin taistelussa vastustajia vastaan, joiden lukumäärä on lisääntynyt ja taidot päivitetty sitten viime näkemän.