En un futuro próximo, una subida repentina e inexplicable del nivel del mar ha dejado a gran parte de la civilización humana bajo el agua. Natsuki Ikaruga, un niño que unos años antes perdió a su madre y una pierna en un accidente, regresa desilusionado de una dura vida en la gran ciudad para encontrar su antigua casa en el campo medio tragada por el mar. Sin familia, lo único que tiene a su nombre es el barco y el submarino que le dejó su abuela oceanóloga y sus deudas.