En 2015, tras el catastrófico "Segundo Impacto" que devastó la Tierra, los "Ángeles" regresan para atacar. La organización NERV crea los Evas, robots bio-mecánicos pilotados por jóvenes como Shinji, Rei y Asuka, los únicos capaces de enfrentarlos. Mientras luchan, descubren oscuros secretos sobre la humanidad y su destino.