La historia gira en torno al protagonista Naoe Riki, un joven estudiante de la escuela secundaria. Cuando Riki era un niño, sus padres murieron, dejándole desesperado y deprimido. Fue salvado por un grupo de tres chicos y una chica, este grupo quien se refirió a sí mismo como el Little Busters, un grupo dedicado a luchar contra el mal y preservar la justicia. El líder del grupo Kyosuke Natsume que tenía una la hermana menor llamada Rin. Los otros dos miembros eran Inohara Masato y Kengo Miyazawa, que eran amigos a pesar de ser rivales. Vivirán aventuras y sucesos que marcaran su vida y que tendrán que afrontar.