Die BioTech-Firma „Genom X“ hat sich in den letzten 50 Jahren mit einem geheimen human-genetischen Programm beschäftigt, das nun unerwartete Konsequenzen hat. Das eigentliche Ziel des ehrgeizigen Projektes war es, den genetischen Code des Menschen zu entschlüsseln. Eines Tages müssen die Genforscher jedoch feststellen, dass eines ihrer Experimente fehlgeschlagen ist. Die Versuchspersonen haben außergewöhnliche Kräfte entwickelt. Die Versuche sollen vertuscht werden. Der eiskalte Wissenschaftler Mason Eckhart will jedoch die Kontrolle über die sogenannten „Neuen Mutanten“ erlangen und sie für seine eigenen, zweifelhaften Ziele einsetzen. Der brillante Wissenschaftler Adam, der früher als Chefbiogenetiker für „Genom X“ gearbeitet hat, will Eckhart das Handwerk legen. Also gründet er die Organisation „Mutant X“, die Mutanten vor Eckhart und seinen Schergen bewahren soll. Das Leben einer ganzen Generation von „Neuen Mutanten“ ist vom Erfolg seiner Arbeit abhängig.