In Dollhouse geht es um eine geheime Organisation, die Menschen mit einer neuen Persönlichkeit ausstatten kann. Sie löschen die Erinnerungen und setzen den Menschen ein neues Gedächtnis ein, um sie für ihre Aufträge einsetzen zu können. Auch Echo gehört zu den manipulierten Personen. Sie ist eine sogenannte Aktive, die sich angeblich freiwillig für dieses Projekt gemeldet und dafür 5 Jahre ihres eigenen Lebens aufgegeben hat. Für ihren Mut und ihren Einsatz innerhalb der Organisation soll sie am Ende ihrer Zeit im Dollhouse eine große Summe an Geld bekommen. Während Echo sich mit diesen Aufträgen beschäftigt, versucht der FBI Agent Paul Ballard mehr über das Dollhouse heraus zu bekommen. Er sieht sich die Aufträge näher an und versucht das Schema, das sich dahinter befindet aufzudecken. Der FBI Agent will unbedingt die Wahrheit über diese Organisation heraus finden und zerstört durch seine Besessenheit sogar seine Ehe und seine Karriere. Doch auch diese bitterlichen Ereignisse können Paul nicht aufhalten die Wahrheit über das Dollhouse aufzudecken.