Die Agenten des New Yorker Büro des FBI arbeiten rund um die Uhr daran, die Stadt und ihr Land vor Terror, organisiertem Verbrechen und fremden Spionen zu beschützen. Unter der Leitung von Special Agent in Charge Dana Mosier setzt sich ihr Team aus verschiedenen Spezialisten mit einzigartigen Fähigkeiten zusammen.
Ein berüchtigter Waffenhändler ist im Besitz einer schweren Bombe. Das FBI-Team will den gefährlichen Sprengsatz sicherstellen, doch die Bombe befindet sich bereits in den falschen Händen.
Ein Detective und ein Pfandhausbesitzer werden kaltblütig erschossen. Das FBI-Team nimmt einen jungen Studienabbrecher ins Visier. War er nur zur falschen Zeit am falschen Ort?
Kriminelle gelangen bei einem Raubüberfall in New York City an eine riesige Menge vollautomatischer Schusswaffen. Das FBI übernimmt und kommt dabei einem Mitschüler von Jubals Sohn auf die Spur.
(Die Episode sollte ursprünglich als 22. und damit letzte Folge der 4. Staffel ausgestrahlt werden. Da es am Vortag der geplanten Ausstrahlung einen Amoklauf an einer US-amerikanischen Schule gab, wurde sie damals nicht gezeigt und auf diesen Zeitpunkt verschoben.)
Das FBI-Team untersucht eine Reihe von gewalttätigen Überfällen. Währenddessen verschweigt Special Agent Omar Adom, dass er selbst Opfer eines Raubs auf offener Straße wurde.
Als ein wohlhabender Buchhalter erschossen wird, weil er heimlich gegen einen berüchtigten Drogenboss ausgesagt hat, führt die Untersuchung des Teams dazu, dass Tiffany einen Freund um Hilfe bittet, der früher beim NYPD war und mit dem gefährlichen Gangsterboss verwandt ist.
Während das Team versucht, einen entführten Fünfjährigen zu retten, verdächtigt Scola die Mutter des Jungen, ihnen nicht alles über den Grund zu erzählen, warum ihr Kind ins Visier genommen wurde.
Maggie kehrt rechtzeitig aus dem Krankenurlaub zurück, um dem Team bei der Untersuchung zweier Morde zu helfen: einem Jurastudenten, der auf dem Weg ist, die FBI-Akademie zu besuchen, und einem jungen Mann mit möglichen Verbindungen zu einer Bande. Außerdem lässt eine unbeabsichtigte Offenbarung von Maggie OA befürchten, dass sie zu schnell wieder in den Job zurückkehrt.
Als ein tödlicher Lastwagenüberfall die Killer mit genügend Ammoniumnitrat für den Bau einer grossen Bombe ausstattet, entdeckt das Team eine Verbindung zu einer Terrorgruppe, die Maggie zu infiltrieren versucht.
Ein Teenager taucht mit einer großen Tüte Fentanyl im FBI-Hauptquartier auf und bittet das Team um Schutz vor den Männern, die seinen Vater erschossen haben. Nina geht mit einem Vorschlag zu Scola, den er nur zögerlich annimmt.
Die Entführung einer jungen Frau weist Verbindungen zu einem 18 Jahre alten ungeklärten Verbrechen auf. Castille und Reed erhalten endlich die Chance, den Fall ein für alle Mal abzuschließen.
Intelligence Analyst Kelly Moran wird Zeuge eines Banküberfalls und gerät in die Hände der Verbrecher. Gelingt es dem FBI-Team, ihren Kollegen und die restlichen Geiseln rechtzeitig zu retten?
Zwei Menschen kommen durch eine mysteriöse Biowaffe ums Leben. Das FBI-Team ermittelt, um herauszufinden, wer hinter den Morden steckt und wo sich das nächste Ziel des Killers befindet.
Das Team untersucht den Mord an einem Informanten, der tot nahe einer verlassenen Fabrik aufgefunden wird. Unterdessen trifft Bell auf ihren früheren Kollegen und Mentor.
Eine Reihe von bewaffneten Raubüberfällen hält das Team in Atem. Die Special Agents nehmen einen Verdächtigen ins Visier, der sie zum großen Plan hinter den Verbrechen führt.
Ein Agent des Diplomatischen Sicherheitsdienstes wird bei einem Festnahmeversuch kaltblütig erschossen. Das FBI-Team untersucht den Fall und stößt dabei auf eine Verbindung nach Kroatien.
Ein New Yorker Justizvollzugsbeamter wird eiskalt erschossen. Erste Hinweise führen die Special Agents des FBI-Büros zu einem ehemaligen Marinesoldaten, der abtrünnig geworden ist.
Um Scola bei seiner Undercover-Mission zur Suche nach den Terroristen zu unterstützen, von denen angenommen wird, dass sie hinter dem bevorstehenden Anschlag in New York City stecken, ruft Maggie Remy hinzu, dessen gut vernetzter Informant aus einem früheren Fall möglicherweise der Schlüssel zum Vorantreiben der Operation ist.
Das Crossover beginnt in FBI: International S02E16 Unmittelbare Bedrohung (I) und wird fortgesetzt in FBI: Most Wanted S04E16 Unmittelbare Bedrohung (III).
Die Entführung eines stellvertretenden Kommandanten der Air National Guard zwingt das FBI-Team dazu, schnell zu handeln. Wird es den Agenten gelingen, den Kidnapper rechtzeitig zu fassen?
Ein LKW-Fahrer wird nach einer Routinefahrt kaltblütig erschossen. Bei den Ermittlungen deutet alles darauf hin, dass es sich bei dem Täter um einen der meistgesuchten Terroristen des FBI handelt.
Nachdem ein Drogendealer im Park erschossen wird, macht sich das FBI-Team auf die Suche nach dem Killer. Unterdessen kehrt Bells Schwester nach New York zurück und erschwert den Fall.
Das FBI-Team steht unter enormen Druck. Es gilt die entführte Tochter eines US-Senators wiederzufinden. Dabei stoßen die Agenten auf eine mögliche Verbindung zu einem ähnlichen Fall.
Eine Gruppe von Teenagern verstirbt an einer Überdosis Drogen. Während sich das Team auf die Suche nach dem Dealer macht, setzt sich Omar Adom mit seinem muslimischen Glauben auseinander.
Als ein prominenter Arzt bei einer rituellen Tötung tot aufgefunden wird, läuft dem Team die Zeit davon, um einen religiös motivierten Serienmörder zu jagen. Außerdem steht Scola vor einer Entscheidung über Leben und Tod.
