I en verden, hvor magi er ikke et eventyr, men har eksisteret i hundrede år, forbereder søskende Tatsuya og Miyuki Shiba sig på at starte deres studier på den elite private magiske universitets tilknyttede gymnasieskole (Magic High School for kort). Ved at komme ind på forskellige niveauer af den akademiske skala, forvandler de den engang fredelige campus til en kaotisk.