Angel Beats foregår i efterlivet og fokuserer på Otonashi, en dreng, der mistede sine minder om sit liv efter døden. Han er indskrevet på efterlivsskolen og møder en pige ved navn Yuri, der inviterer ham til at deltage i Afterlife Battlefront - en organisation, hun leder, der kæmper mod Gud. Battlefront-kampen mod elevrådets præsident Angel, en pige med overnaturlige kræfter.