Da en ånd ved navn Crysta formindsker en menneskedreng, Zak, til hendes størrelse, lover han at hjælpe de magiske feer med at stoppe et grådigt skovhugstfirma fra at ødelægge deres hjem: den uberørte regnskov kendt som FernGully. Zak og hans nye venner kæmper for at forsvare FernGully mod skovhuggere — og den hævngerrige ånd, de ved et uheld slipper løs efter at have fældet et magisk træ.