Under konstant angreb af monstrøse skabninger kaldet engle, der søger at udrydde menneskeheden, U.N. Special Agency NERV introducerer to nye EVA piloter til at forsvare byen Tokyo-3: den mystiske Makinami Mari Illustrous og den intense Asuka Langley Shikinami. I mellemtiden, Gendo Ikari og SEELE videre med et hemmeligt projekt, der involverer både Rei og Shinji. Filmen blev omdøbt "Evangelion: 2.22" for sin DVD / Blu-Ray udgivelse.