I kølvandet på det Fjerde Sammenstød, strandet uden deres Evangelions, finder Shinji, Asuka og Rei tilflugt i en af de sjældne lommer af menneskeheden, der stadig eksisterer på den ødelagte planet Jorden. Der lever hver især et liv, der er meget forskelligt fra deres tid som Evangelion-pilot. Men faren for verden er langt fra ovre. En ny indvirkning truer i horisonten – en, der vil vise sig at være den sande afslutning på Evangelion.