Året er 1988. Donnie Darko er en intelligent, ung mand fra en helt almindelig familie, der lever et umiddelbart helt almindeligt liv. Han har bare ét problem: Han er skizofren og har nogle sære drømme om en kanin, Frank, hvilket bl.a. får ham til at vågne op om natten og vandre rundt i byen. En aften fortæller Frank ham, at verden vil gå under i løbet af få uger og kort efter, at motoren fra et fly på mystisk vis vil falde ned i Donnies soveværelse. Donnie slipper ud af huset tids nok til at undgå denne sære begivenhed, hvorefter han er overbevist om det reelle i Franks profetier. Mærkeligt nok savnes der ingen motor fra noget fly.