Den unge Jacob rejser til en lille ø ved Wales’ kyst for at opklare et familiemysterium. På øen møder han en besynderlig pige, som tilsyneladende forsvinder for øjnene af ham. Hun ender dog med at lede ham til Miss Peregrines børnehjem, et mystisk sted der gemmer på masser af hemmeligheder. Snart må Jacob erkende, at der ikke blot findes børn med overnaturlige kræfter: Han spiller selv en vigtig rolle i deres overlevelse.