Løven Alex, zebraen Marty, giraffen Melman og flodhesten Gloria hygger sig på Madagascar. Da de får mulighed for smuttur hjem til New York, så de siger ja tak. De får nemlig flyvelejlighed med de tre pingviner, der i sin tid var skyld i, at de havnede på Madagascar. De fire venner kommer dog ikke længere end til Afrika, og her finder de ud af, at der findes andre giraffer, løver, zebraer og flodheste end dem.