I en bjerg tindes hemmelige højborg lever Skyggekrigerne og deres frygtløse leder Ra’s al Ghul i skjul. Sammen med sin lige så farlige datter Talia fører han tilsyn med en trænet hær af snigmordere, der pønser på global dominans. Men en opstand indefra truer nu med at rykke magtbalancen og sender Talia og hendes lille søn Damian på flugt til Gotham City. Med snigmordere i hælene søger Talia beskyttelse hos Batman, som er uvidende om, at han er drengens far. Med sin søn på slæb fører Batman krig mod skurken Deathstroke og Skyggekrigerne, alt imens han må lære sin egenrådige dreng, at man ikke kan bekæmpe kriminalitet ved selv at blive kriminel. Med hjælp fra Gothams beskyttere, herunder politiinspektør Gordon og Nightwing, vil Batman snart opdage, at hans søn og mest betroede allierede er én og samme person!