Den japanske dreng Kubo passer sin syge mor i en hule på en bjergside. Deres hjemby bliver hjemsøgt af en ond kraft. En nat bliver Kubo kontaktet af en ånd, som beder ham om at finde en magisk rustning, som hans afdøde far havde på. Med dén kan Kubo redde byen fra den onde kraft og måske også kurere moderen. Kubo begiver sig ud på sit livs eventyr, hvor der både venter fare og spænding på vejen.