En maskeret skurk skaber ravage i byen Coolsville med en monstermaskine, der kan genskabe levende udgaver af Mystery Inc.'s tidligere ærkefjender som 10.000 Volt-Genfærdet, Candyfloss-klatten, Skeletmændene og det grufulde Pterodaktylspøgelse. Fred, Daphne, Shaggy, Velma og Scooby-Doo iværksætter en efterforskning af denne epidemi af uhyrer, som får Shaggy og Scooby til at tvivle på deres roller i Mystery Inc. Men da de gerne vil vise deres evner som detektiver, udtænker den evigt sultne duo en hemmelig plan for at løse mysteriet på egen hånd. Kan holdet opklare deres største sag nogensinde?