Země vysílá první expedici mimo naší galaxii do potopeného města Atlantis pod vedením doktorky Elizabeth Weirové. Navazují vztahy s obyvateli okolních planet, které sužuje hrozba v podobě krvelačné rasy Wraithů vysávající lidskou životní energii. Snaží se pomáhat ostatním a bránit Atlantis. Wraithové se za každou cenu nesmí dostat na Zemi, která je pro ně příslibem prakticky neomezeného zdroje lidí.