Seriál sleduje práci členů newyorské pobočky Federal Bureau of Investigation (FBI, Federální úřad pro vyšetřování). Tito prvotřídní agenti spojují talent, intelekt a technické dovednosti, aby za pomoci pokročilých technik vyšetřovali případy s velkým dopadem, a to včetně terorizmu, organizovaného zločinu a vnitřních konspirací. Jejich cíl je jediný: udržet New York a zbytek země v bezpečí.
V premiéře třetí série seriálu FBI tým přivítá nového člena, který pátrá po vrazích, kteří zorganizovali masovou střelbu v mediální společnosti, a osobní spojení OA s případem hrozí, že mu zatemní úsudek.
Tým se snaží zastavit sériového vraha poté, co jsou na dně jezera nalezeny tři ženy. Jubal se zabývá starým uzavřeným případem poté, co se objeví několik podobností s nedávnými oběťmi.
Když tým zadrží vůdce drogového kartelu a jednoho z nejhledanějších mužů na světě, je ohroženo celé ústředí FBI, když jeho pohůnci odhalí spiknutí, které ho má osvobodit. Isabel musí učinit těžké rozhodnutí.
Když tým pátrá po mladé dívce, která byla unesena z chaty během rodinné dovolené, zjistí, že únos může souviset s kostlivcem v rodinné skříni. Maggie zpochybňuje svůj vztah s Nestorem, když se dozví, že k ní nebyl úplně upřímný.
Poté, co při přepadení chemičky zemřou dva celníci, musí tým infiltrovat gang obchodníků s drogami. Nestor nabídne svou pomoc v případu a Maggie tak získá nový pohled na jeho povahu.
Tým pátrá po vrahovi, který smrtelně postřeluje zdánlivě nesouvisející cíle, zatímco nová agentka Tiffany Wallaceová po zkušenostech z práce zkoumá napětí mezi kariérou zvláštní agentky FBI a odpovědností, kterou cítí vůči své komunitě jako černoška.
Když je unesena politická reportérka a zadržována bez požadavku na výkupné, musí tým pátrat po jejích vztazích z minulosti, aby zjistil motiv útočníka. Isobelin vztah se ocitne pod palbou, když se v případu objeví spojitost s jejím přítelem Ethanem.
Lupiči ve zvířecích maskách přepadli šekové pokladny, FBI se spojí s newyorskou policií, aby vypátrali stopy, ale vyšetřování se ubírá pro některé členy obou agentur šokujícím směrem.
Tým spěchá po stopách dvou lékařů, které unesl zoufalý otec ochotný udělat cokoli, aby zachránil svého syna. Jubalova nejistota v rodinném životě ovlivňuje jeho úsudek během situace s rukojmími.
Když je v obklíčení protestujících zastřelen generální ředitel významné makléřské firmy, tým zjišťuje, kdo mohl na domnělých manipulacích jeho společnosti nejvíce tratit. S tím, jak se začínají odkrývat finanční detaily případu, vychází najevo také Scolova předchozí kariéra na Wall Street a důvody, proč z ní odešel.
Když je v módní newyorské restauraci zabito pět prominentních mužů, vyšetřování týmu je přivede do kontaktu s poručíkem kartelu Antonia Vargase, což vyvolá dlouho očekávanou roztržku mezi Isobel a Vargasem.
