Kay i Jay se ponovo okupljaju da pruže našu najbolju, posljednju i jedinu liniju odbrane protiv zlokobne zavodnice koja postavlja najteži izazov do sada neokaljanoj misiji MIB-a – zaštititi Zemlju od ološa svemira. Prošle su četiri godine otkako su agenti u potrazi za vanzemaljcima spriječili međugalaktičku katastrofu epskih razmjera. Sada je to trka s vremenom jer Jay mora uvjeriti Kaya – koji ne samo da nema nikakvo sjećanje na vrijeme provedeno s MIB-om, već je i jedina živa osoba koja ima stručnost da spasi galaksiju – da se ponovo ujedini s MIB-om prije nego što Zemlja podlegne konačnom uništenju.