সেফিরোথের হাতে নিবেলহেইমের ধ্বংসের পরে, জ্যাক এবং ক্লাউড শিনরা ইনক থেকে পালিয়ে যাচ্ছে। তারা মিডগারে ফিরে যাওয়ার সময়, তারা নিবেলহেইমে ঘটে যাওয়া ভয়াবহ ঘটনাগুলির কথা স্মরণ করে, পাশাপাশি শিনরার বিরুদ্ধে বেঁচে থাকার জন্য লড়াই করে।