সেফিরোথের সাথে চূড়ান্ত যুদ্ধের পরে দুই বছর কেটে গেছে। যদিও সমৃদ্ধির শহর মাকোর শহর মিডগার ধ্বংসস্তূপে পরিণত হয়েছে, তবে এর লোকেরা ধীরে ধীরে তবে অবিচলভাবে পুনর্গঠনের পথে হাঁটছে। যাইহোক, জিওস্টিগমা নামে একটি রহস্যময় রোগ তাদের যন্ত্রণা দেয়। কোনো নিরাময় চোখে না পড়ে এটা একের পর এক দুর্দশাগ্রস্তদের মৃত্যু নিয়ে আসে এবং লোকেদের কাছ থেকে তাদের নতুন আশা কেড়ে নেয়।