公元2195年，謎一般的兵器群「木星蜥蜴」突然出現，並以壓倒性的戰鬥力佔領了火星的殖民地以及月球的背面。地球的各地均有被稱為「鬱金香」的母艦降落。與此同時，民間企業尼爾加重工（ネルガル重工，NERGAL）完成了實驗戰艦ND-001撫子號（ナデシコ，Nadesico, 納迪斯高/力高號）的建設。 即使是對著木星蜥蜴的兵器，裝備在撫子號上的兵器依然具有技術上的優勢，包括扭曲力場（Distortion Field）防護罩以及重力波砲，使得撫子號成為了當時唯一能與木星蜥蜴抗衡的戰艦。在人員的任命上，由於採取了「能力一流，不問性格」的選拔方針，結果使得整艘艦的工作人員都是些有點「特殊性格」的人。 火星出生的主角天河明人，在一次偶然的機會遇見了兒時玩伴御統百合香。想再次與百合香相會的明人，一直跟在她的後面，並意外地登上了準備出港的撫子號。其後明人雖然被聘請為撫子號的廚師，但卻發生了一些意外，使得明人要駕駛艦載的機動兵器艾斯特巴利斯（Aestivalis）進行戰鬥…… 本故事就講述一班在撫子號上的成員的經歷，他們一方面和木星蜥蜴作戰，另一方面又要在地球政府吞併的壓力下力求獨立自主，而他們隨著不斷的戰鬥，漸漸揭開隱藏在背後的驚人事實真相……