在人類逐漸無法使用魔法的世界裡，人們為了對付還擁有殘存魔力的人類，成立了培訓「異端審問官」的機關「對魔導學園」。主角草薙哮在這個以槍械為主要武器的環境裡，仍舊使用刀劍戰鬥，而他所率領的第35試驗小隊，更是由一群劣等生所組成，甚至有「蝦兵蟹將小隊」之稱。某日，身為頂尖「魔女獵人」的超精英槍械高手 鳳櫻花加入了這隻小隊，讓第35試驗小隊開始有了改變。