故事以明治時代為舞台，隨著文明開化及迅速西化加上廢刀令的頒布，使得日本進入前所未有的改革期。無法接受這些改變以及對於新政府作為有所不滿的人便因此四處作亂。這些作亂的罪犯們被捕後，全部都囚禁在琵琶湖中心的巨樹監獄「獄門處」。故事將以負責將罪犯護送到護送到獄門處的擺渡人「曇家三兄弟」為中心，各式各樣的現實與未解之謎交錯，隨著一個一個事件，漸漸解開神秘的面紗……