在近未來的地球 ―― 出現了被人類稱作為「ヒュージ」的神秘生命體導致面臨毀滅的危機，全世界為了對付「ヒュージ」便團結製作出能與之對抗的決戰兵器「CHARM」，被稱作為「莉莉（リリィ）」的少女們為了世界持續戰鬥著，而在世界各地開始設立名為「花園（ガーデン）」的「莉莉」養成機關，為了對抗「ヒュージ」並守護著人們的據點。 　　然而在眾多的「花園」之中，入學至名門及讚譽的百合ヶ丘女學院 的一柳梨璃和 相遇的夥伴們組成一柳隊因任務而遠赴東京，藉著這個機會ルドビコ女學院、エレンスゲ女学園、神庭女子藝術高校、御台場女學校、相模女子高等學館以及百合ヶ丘女學院的命運互相交錯展開......。