《GIBIATE》的故事發生在 2030 年的日本。一種病毒正在全世界範圍內蔓延。病毒感染者會突變成怪物，而且根據年齡、性別、種族的不同，會變化出不同形態。因為變化形態的多樣化，這種病毒被稱為「Gibia（像野生鳥獸富有多樣性）」。然而，在日本這片廢土之上，一對武士與忍者突然出現了。他們二人從江戶時代的早期穿越而來，在研究病毒治療方法的博士的幫助下，共同展開行動。面對著接踵襲來的 Gibia，搶奪路人食糧的亡命之徒，以及各種敵人的圍攻之下，殺機重重、生死攸關的冒險之旅就此展開。