故事以 2039 年的東京作為舞台，由於 10 年前的病毒傳染而導致各處的混亂以及無政府狀態，此時有個跨越國家間的組織「GHQ」以武力介入了日本……。平凡的高中生「櫻滿集」；率領著反抗軍、想要讓日本獨立的首領「恙神涯」；反抗軍一員的歌姫「楪祈」，這三人的相遇讓故事就此展開。