西元2021年，人類在與病毒性寄生生物「原腸動物」的戰爭中敗北，被驅逐至狹窄的領土，帶著恐懼與絕望苟且偷生。 至此過了十年，人類在能控制原腸動物病毒的少女們「受詛之子」力量下得以找到對抗怪物的最後希望，然而過去的傷痛卻使兩者之間出現難以填平的代溝，看似得到和平的人類社會正悄悄變質，暗潮越見洶湧。 居住於東京的高中生少年里見蓮太郎，是一位專門對抗原腸動物的「民警」中其中一份子，與自己的搭擋藍原延珠一起從事許多危險的工作，就在某天接獲政府的特別命令，內容竟是避免東京毀滅的高度機密任務……