《Fate/kaleid liner 魔法少女☆伊莉雅》的故事以伊莉雅為主角，她原本是一個就讀穗群原學園的普通女孩子，有一天自稱人工天然精靈的魔法露比萬花筒之杖突然飛了進來，強制地被繫結契約，成為魔法少女伊莉雅。被萬花筒之杖原持有者的魔術師遠坂凜的命令之下，被迫幫忙回收階級卡片……