一天，工藤大樹偶然聽到了神秘聲音的呼喚，與朋友們一起來到了數碼世界，在那裡認識了眾多的數碼獸同伴並且成為指揮官建立「Xros Heart」團隊。意想不到的是，在數碼世界中除了他們外竟然還有別的人類在數碼世界中活躍著……然而，為了防止邪惡的巴古拉軍企圖稱霸數碼世界，他們將要努力地收集水晶（Code Crown）來保護各個地區（Zone），擔負起拯救數碼世界的命運。