故事於2007年5月13日開始。主角直枝理樹與其青梅竹馬的朋友棗恭介、棗鈴、井之原真人、宮澤謙吾一起過著全寄宿制的高中生活。他們曾於小時候結成一個與惡勢力作鬥爭，號稱正義的使者的隊伍，名為「Little Busters」。某日，三年級的恭介從就職活動中回來，並提議要組成一個棒球隊伍，隊名沿用「Little Busters」，想和從前一樣再熱鬧地玩一次。於是理樹他們就開始尋找隊員，揮灑著青春的光彩，理樹也渴望與夥伴們的日子能夠永遠持續下去。不久以後，理樹和鈴在一隻被恭介取名為「藍儂」的貓身上找到一張紙條，上面有這樣的訊息：「請找出這個世界的秘密」…