《酋雷姆VS聖劍士 凱路迪歐》故事描述小智與皮卡丘、艾莉絲、天桐一行人正搭乘火車前往洛祥的旅途中，在行經山區時發現一隻從未見過的神奇寶貝，但他卻受了傷一動也不動。其實他正是被稱為三位聖劍士的後繼者，夢幻的神奇寶貝‧凱路迪歐。就在此時，最強的龍系神奇寶貝酋雷姆突然來襲！面對能變換成焰白與闇黑兩種型態，並擁有壓倒性力量的酋雷姆，小智一行人千鈞一髮逃過酋雷姆的追擊。面對酋雷姆的窮追不捨，在行進列車與飛行船間發生戰鬥，他們能否戰勝這次的強大挑戰呢？