《忍者神龟之都市传奇》讲述的是在从超级苍蝇的暴行中拯救了纽约市并被誉为英雄之后，四兄弟平衡了他们作为普通青少年和打击犯罪的双重生活，而一个新的威胁出现了，使他们自己分道扬镳。他们是忍者龟，他们是兄弟，他们是英雄，但为了保护城市的安全，他们必须征服新的反派……还有高中生活！忍者龟们将面临前所未有的挑战，因为莱昂纳多、米开朗基罗、多纳泰罗和拉斐尔都是第一次单打独斗。面对新的威胁，与新老盟友合作，当没有兄弟们的支持时，忍者龟们将发现自己到底是谁。在这季中，忍者神龟们开始了独自逃亡。莱昂纳多成了一位孤独的领导者，他现在必须阻止毕夏普和她的机甲怪，同时拯救他的兄弟们，在经历各种困难之后，莱昂纳多能成功吗？