Ryuko Matoi, elinde kırmızı bir bıçağın yarısı olan kılıçla dolaşırken, diğer yarısını elinde bulunduran ve babasını öldüren diğer taşıyıcıyı bulmak için dolaşan bir kızdır. Honnouji Akademisi adında korku içinde yaşayan bir liseye gelir. Bu lise, önüne çıkan herkesi ezmek için okul konsey üniformasını kullanan, korkunç öğrenci konsey başkanı Satsuki Kiryouin tarafından yönetilmektedir. Satsuki tarafından yenilgiye uğratıldıktan sonra Ryuko, kendisine özel yetenekler veren, okul üniforması giyen Senketsu ile tanışır. Senketsu ile ekip olan Ryuko, bir yandan Honnouji Akademisi'ni Satsuki ve konseyin egemenliğinden kurtarmak, bir yandan da babasının ölümünün ardındaki gerçekleri öğrenmek için mücadeleye başlar.