Metal Fusion, Gingka Hagane isimli bir çocuğun köyündeki yasak beyblade El Drago'nun zorla alınması ve onu kötü ellerden kurtarmak için yola koyulmasını konu alır. Bu yolculukta 3 sezon boyunca süren Kyoya ile rekabetinin ve en iyi arkadaşlarından birisi haline gelecek Kenta'yla arkadaşlıklarının temeli atılacaktır. Bir zamanlar Kyoya'yı da emellerinde kullanmış, El Drago'nun sahibi Ryuga'yla birlikte hareket eden kötü adam Doji'nin düzenlediği turnuvaya girmek için puan toplamaya başlayan Gingka ve arkadaşları'nın başına bir takım olaylar gelir...