Hikaye, Ghost in the Shell: S.A.C.'deki olaylardan iki yıl sonra, 2034 yılında geçiyor. 2. konser Kadın cyborg Binbaşı Motoko Kusanagi, siber savaşta uzmanlaşmış seçkin bir terörle mücadele ve suçla mücadele birimi olan ve Togusa'nın saha lideri olarak görev yaptığı 20 saha ajanından oluşan bir ekibe genişleyen Kamu Güvenliği Bölüm 9'dan ayrıldı.