Kulenin Gizemi, gökyüzüne bir mızrak gibi uzanan ve bulutların ardında gizemli bir sessizlikle yükselen devasa bir kulenin gölgesinde başlar. Üç yakın çocukluk arkadaşı olan Hiroki, Takuya ve Sayuri günün birinde kendi yaptıkları uçakla bu yasaklı kuleye ulaşmak için birbirlerine söz verirler ancak Sayuri'nin aniden ortadan kaybolmasıyla bu rüya yarım kalır. Yıllar sonra Sayuri’nin, dünyanın kaderini o kuleye bağlayan derin bir uykuya daldığı anlaşıldığında, eski dostların unuttuğu o çocukluk sözü, hem zamana hem de evrenin sınırlarına meydan okuyan duygusal bir kurtarma operasyonuna dönüşecektir.