Bastian bir kez daha, kısa süre önce yıkımdan kurtarmayı başardığı Fantasia dünyasına taşınır. Ancak, ülke şimdi kötü bir büyücü olan Xayide tarafından yok edilmektedir. Bu sebeple Atreyu ile birleşmeli ve bir kez daha Emptiness ile yüzleşmelidir.