Bowser'ın Princess Peach ile evlenme planını engelledikten sonra, Mario ve Luigi artık Bowser Jr.'in yeni tehdidiyle karşı karşıya. O, babasını esirden kurtarmak ve aile mirasını geri kazanmak için kararlı. Yeni ve eski arkadaşlarıyla birlikte kardeşler, yıldızlar arasında seyahat ederek genç mirasçının muharebesini durduruyor.