เนื้อเรื่องกล่าวถึงเหตุการณ์ในปี After Colony 195, เด็กหนุ่มห้าคนที่ถูกเลือกโดยนักวิทยาศาสตร์ห้าคนจากโคโลนี่ที่ต่างกัน พร้อมด้วยหุ่นยนต์รบที่ทรงประสิทธิภาพได้แก่ วิงกันดั้ม, กันดั้มเดธไซธ์, กันดั้มเฮฟวี่อาร์ม, กันดั้มแซนด์ร็อก, เฉียนหลงกันดั้ม ถูกส่งมายังโลกด้วยการอำพรางเป็นดาวตกในปฏิบัติการ Operation Meteor เพื่อกำจัด Organization of Zodiac (OZ) โดยที่เด็กหนุ่มทั้งห้าบังเอิญเจอกันบนโลกโดยที่ไม่มีใครเคยรู้จักกันมาก่อน ทั้งห้าต้องทำงานรวมกันเพื่อกำจัด OZ เพื่อนำสันติภาพมาสู่ชาวโคโลนี่ โดยภายหลังจากกันดั้มทั้งห้าถูกส่งมายังโลกได้ไม่นาน OZ ได้เริ่มปฏิวัติยึดอำนาจจากสหพันธ์โลกโดยการให้คนจากหน่วย Special Mobile Suit (SMS) แทรกซึมเข้าไปในสหพันธ์โลกและกระจายข่าวลวงให้แก่นักบินกันดั้มว่าผู้นำระดับสูงของ OZ จะมารวมตัวกันประชุมที่ฐานทัพนิวเอ็ดเวิร์ด โดยแท้จริงแล้วผู้ที่มาประชุมไม่ใช่ผู้นำระดับสูงของ OZ แต่เป็นผู้นำกลุ่มใฝ่สันติจากสหพันธ์โลก โดยฮีโร่ ยุย หนึ่งในนักบินกันดั้มได้สังหารจอมพลโนเวนต้า ผู้นำสูงสุดของสหพันธ์โลกลงเพราะความเข้าใจผิด ส่งผลให้สงครามครั้งใหญ่ปะทุขึ้น