ปี 0083 แห่งศตวรรษสากล อาณาจักรซีออนผู้ก่อกบฏได้พ่ายแพ้ในสงครามหนึ่งปีให้กับสหพันธ์โลก อย่างไรก็ตาม กลุ่มผู้รอดชีวิตจากซีออนกลุ่มหนึ่ง นำโดยอากิลเล เดลาซ ได้หลบหนีจากการต่อสู้ครั้งสุดท้ายและซ่อนตัวอยู่ หลังจากสามปีผ่านไป พวกเขาพยายามที่จะลุกขึ้นต่อสู้อีกครั้ง โดยส่งอนาเวล กาโตะ นักบินมือฉมังของเดลาซ แทรกซึมเข้าไปในฐานวิจัยของสหพันธ์เพื่อขโมยกันดั้มต้นแบบที่พัฒนาขึ้นอย่างลับๆ หนึ่งในสองตัว พร้อมกับหัวรบนิวเคลียร์อันร้ายแรง ด้วยความรู้สึกถูกคุกคามจากกันดั้มผู้ก่อการร้ายและต้องการรักษาสันติภาพ สหพันธ์โลกจึงระดมกำลังเรือบรรทุกเครื่องบินอัลเบียนที่พัฒนาขึ้นใหม่เพื่อกู้คืนกันดั้มที่ถูกขโมยไป โดยมีนักบินทดสอบที่เหลืออยู่ประจำการ และนักบินมือใหม่ โค อุรากิ เป็นผู้ขับกันดั้มต้นแบบที่เหลืออยู่ เรืออัลเบียนและลูกเรือมุ่งมั่นที่จะหยุดกาโตะ ยึดกันดั้มที่ถูกขโมยคืน และป้องกันไม่ให้กลุ่มผู้รอดชีวิตจากซีออนก่อสงครามอีกครั้ง