อนาคตอันไกลโพ้นที่มนุษย์เริ่มเดินทางไปถึงขอบเขตของกาแล็คซี่ กลุ่ม Human Galactic Alliance ได้ต่อสู้กับพวกเผ่าพันธุ์ประหลาดที่เรียกว่า “Hidiaasu” อย่างต่อเนื่องเพื่อเอาชีวิตรอด ระหว่างการรบครั้งใหญ่ พลทหารหนุ่ม Redo และหุ่นของเขา Chamber ได้ถูกดูดไปในการบิดเบี้ยวของมิติและกาลเวลาไปยังดาวเคราะห์ที่ปกคลุมไปด้วยน้ำ และเรือขนาดยักษ์ Redo มาถึงกองเรือที่เรียกว่า Gargantia เขาไม่รู้ทั้งประวัติศาสตร์ของดาวเคราะห์ดวงนี้หรือวัฒนธรรม จึงต้องอยู่กับเด็กสาวที่ชื่อ Amy ผู้ส่งสารในท่าเรือแห่งนี้ สำหรับตัว Redo เขารู้จักแต่การสู้รบมาทั้งชีวิต การที่ต้องมาอยู่ในโลกที่สงบสุขทำให้เขาประหลาดใจอยู่ไม่น้อยเช่นกัน