ในอนาคตอันใกล้ที่พื้นผิวโลกส่วนใหญ่จะจมลงสู่ทะเลเนื่องจากระดับน้ำทะเลที่สูงขึ้นอย่างไม่ทราบสาเหตุ นัตสึโอะ อิคารุกะ เด็กชายที่สูญเสียขาข้างหนึ่งไปจากอุบัติเหตุสมัยเด็ก เขาละทิ้งชีวิตในเมืองและย้ายไปอยู่เมืองชนบทริมทะเล สิ่งที่เหลืออยู่สำหรับเขาที่ตัวคนเดียวคือเรือ เรือดำน้ำ หนี้ของคุณยายของเขาซึ่งเป็นนักธรณีวิทยาทางทะเล เพื่อฟื้น "อนาคตที่หายไป" ของเขากลับคืนมา นัตสึโอะจึงดำน้ำลงไปเพื่อค้นหาโกดังใต้น้ำที่กันว่ามีมรดกของคุณยายหลับใหลอยู่ในนั้น และสิ่งที่เขาพบที่นั่นคือ อาโทริ หญิงสาวลึกลับคนหนึ่ง กำลังนอนหลับอยู่ในอุปกรณ์ที่มีลักษณะคล้ายโลงศพ เธอเป็นหุ่นยนต์ที่มีความซับซ้อนและมีอารมณ์ความรู้สึกมากจนอาจถูกเข้าใจผิดว่าเป็นมนุษย์ได้ อาโทริที่ได้รับการช่วยเหลือจากพื้นมหาสมุทรกล่าวว่า ”ฉันอยากทำคำสั่งสุดท้ายที่มาสเตอร์ทิ้งไว้ให้สำเร็จ ฉันจะเป็นขาให้คุณนัตสึโอะจนกว่าจะถึงวันนั้นค่ะ!“ ในเมืองอันเงียบสงบที่กำลังจะจมลงสู่ทะเล ฤดูร้อนที่ไม่อาจลืมได้ของเด็กหนุ่มของหุ่นยนต์เด็กสาวกำลังจะเริ่มต้นขึ้น…